Самарский областной клинический центр профилактики и борьбы со СПИД оснащен мощнейшей клинико-диагностической лабораторией, которая позволяют осуществлять серологические, иммунологические, гематологические, биохимические, цитологические, а также ПЦР-исследования для населения Самарской области.
С 2001 года внедрен метод цитометрии для количественного определения иммунного статуса больных, с 2006 года осуществляется количественная и качественная ПЦР-диагностика вирусов иммунодефицита человека, гепатитов В и С, оппортунистических инфекций, с 2011 года лабораторное отделение стало выполнять исследования, выявляющие резистентность к антиретровирусным препаратам методом секвенирования.
Работа клинико-диагностической лаборатории осуществляется в режиме 24/7 с полным соблюдением санитарно-эпидемиологических требований работы с биологическими материалами особой опасности. Именно поэтому, с 01.04.2020 в Самарском СПИД Центре была организована лабораторная диагностика новой коронавирусной инфекции COVID-19.