С 1989 года начинается история создания Самарского областного клинического центра  профилактики и борьбы со СПИД. Приказом Отдела здравоохранения Куйбышевского облисполкома от 29.10.1989 № 369 «Об организации службы профилактики СПИД в области» был создан Центр, утверждено штатное расписание. Кроме создания Центра указанный приказ регламентировал организацию диагностических лабораторий с закреплением за ними территорий Куйбышевской области и создание комитета по борьбе со СПИД при облздравотделе.

Во исполнение приказа № 369 в области были развернуты 9 лабораторий по диагностике ВИЧ, в том числе в городских станциях переливания крови городов Тольятти, Сызрань, Новокуйбышевск, в Похвистневском ТМО, в ОблСЭС, в Куйбышеве – в диагностическом центре и Центральной городской клинико-диагностической лаборатории, в МСЧ№1 ВАЗа, две из них были оснащены спектрофотометрами.

Вновь созданный центр располагался в старом 2-х этажном здании площадью 679,5 м2, являвшимся памятником архитектуры и культурного наследия. На первых порах существования центра этого было вполне достаточно - ведь на диспансерный учет в 1989 году был поставлен всего 1 пациент.